Начиная с версии 5.57 шаблонизатор используется по умолчанию для генерации конфигурационных файлов модуля WWW-домены.Для более старых версий,или при обновлении с более старых верчи необходимо установить параметр Option EnableWebTemplate в /usr/local/mgr5/etc/ispmgr.conf
По умолчанию шаблоны лежат тут /usr/local/mgr5/etc/templates/default/
Для правки шаблона необходимо скопировать его в /usr/local/mgr5/etc/templates/ и редактировать уже там.Файлы в /usr/local/mgr5/etc/templates/ не перезаписываются при обновлении панели управления.
При необходимости можно перегенерировать все конфиги доменов следующим образом
/usr/local/mgr5/sbin/mgrctl -m ispmgr webreconfigure.initialize shutdown=on
/usr/local/mgr5/sbin/mgrctl -m ispmgr webreconfigure.restore
При этом все ручные правки в конфигах доменов само собой будут перезаписаны.
Ссылка на документацию.