С какой-то версии httpd похоже убрали suid бит с файла suexec,а функционал обеспечивается при помощи Linux Capabilites.Как итог при копировании этого файла,например при переносе с помощью rsync,перестает работать php-cgi.В браузере 500 ошибка,в логах примерно такое suexec[22245]: failed to setgid (1001: php)
Лечится это
setcap 'cap_setuid,cap_setgid+pe' /usr/sbin/suexec
